NGS必備之DNA片段化

在NGS實(shí)驗(yàn)中，長片段DNA文庫構(gòu)建的**步就是將DNA隨機(jī)打斷成符合各測序平臺讀長的片段，目前DNA打斷的*主要的方法是機(jī)械法（*常見的是超聲打斷法）和酶切法。

1、酶切打斷

酶切法打斷是利用片段化酶對基因組DNA進(jìn)行隨機(jī)打斷，和分子克隆中常用的限制性內(nèi)切酶不同，用于DNA打斷的片段化酶并不識別特異的酶切位點(diǎn)，而是對DNA進(jìn)行隨機(jī)地、非特異地切割。

常用的打斷酶為兩種酶的混合物：一種酶會在dsDNA上產(chǎn)生隨機(jī)切割，產(chǎn)生缺刻，另一種酶會識別這些缺刻并切割互補(bǔ)的DNA鏈，從而產(chǎn)生雙鏈DNA斷裂。酶切法打斷操作方便，打斷、末端修復(fù)和加A一步完成，減少了實(shí)驗(yàn)步驟，便于同時操作多個樣本。另外酶切法打斷不需要專門的超聲波打斷儀，也不需要使用打斷管等耗材，因此酶切法打斷能夠顯著降低實(shí)驗(yàn)門檻和成本。

2、超聲打斷

超聲打斷是*常見的DNA片段化方式，超聲波產(chǎn)生的剪切力能夠?qū)⑷芤褐械腄NA片段進(jìn)行剪切。

常用的超聲波打斷儀分為接觸式和非接觸式，其中接觸式打斷儀價(jià)格較低，但是需要將超聲波探頭插入到樣本中進(jìn)行打斷，容易造成打斷不均勻，樣本損失以及交叉污染等問題。非接觸式打斷儀不需要將探頭插入到樣品中，因此可以有效的避免上述問題，但是非接觸打斷儀價(jià)格較貴。非接觸式的打斷儀以Covaris超聲波破碎系統(tǒng)*為常用，配合專門的Covaris打斷管，可以將DNA**打斷成目標(biāo)大小。超聲打斷會使得DNA的末端產(chǎn)生寡核苷酸突出，這些末端突出需要通過末端修復(fù)過程將其補(bǔ)平，之后才能進(jìn)行加A和加接頭等后續(xù)步驟。

產(chǎn)品推薦—麥伯超聲打斷管

完美適配Covaris超聲打斷儀

50μl-超聲打斷管（單管）

麥伯50μl-超聲打斷管，是Covaris 超聲波破碎儀適配樣品管。利用聲波自動聚焦AFA技術(shù)，機(jī)械剪切DNA/RNA，所得片段DNA無熱損傷無偏向，具有高度的可重復(fù)性，適合需要高質(zhì)量DNA的下游應(yīng)用。

產(chǎn)品特點(diǎn)

適用品牌：Covaris系列

樣本類型：DNA / RNA

樣品體積：50μL

片段化范圍：150bp-1.5Kb，通過調(diào)整打斷參數(shù)獲得合適的核酸片段大小

130μl-超聲打斷管（單管）

130μL-超聲打斷管是設(shè)計(jì)用于covaris系列超聲波剪切儀專用核酸打斷管，利用超聲波聚焦技術(shù)機(jī)械剪切DNA/RNA，所得片段無偏好性，且具有高度可重復(fù)的特點(diǎn)，適用于二代測序建庫等核酸片段化過程。

產(chǎn)品特點(diǎn)

適用品牌：covaris系列

樣本類型：DNA/RNA

樣本體積：130μL

片段化范圍：150bp-1.5Kb，通過調(diào)整打斷參數(shù)獲得合適的核酸片段大小

產(chǎn)品性能

取100ng gDNA分別裝于原裝520045和M7042打斷管中，用相同的參數(shù)進(jìn)行打斷，然后用Qsep400進(jìn)行片段質(zhì)檢，從質(zhì)檢圖可以看出麥伯的打斷管和原裝打斷管在打斷數(shù)據(jù)以及片段分布差異不大，可進(jìn)行替換。

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