10μm高精度細胞地圖-更高的靈敏度、更高的分辨率

技術介紹

空間轉錄組學是活躍的研究熱點，2020年，該技術被Nature Methods評為年度技術方法之后，2022年，又上榜《Nature》年度值得年度關注的七大榜單技術。

Celatlas Space是賽圖基因基于“微球鋪設”空間編碼技術開發(fā)的高分辨率空間轉錄組測序技術，可檢測組織不同位置細胞中的基因表達信息，基因檢出效率行業(yè)領先，在癌癥、免疫、神經(jīng)和發(fā)育等領域有著令人期待的應用前景。

技術原理

Celatlas Space一張玻片對應1-4個捕獲區(qū)域，每個捕獲區(qū)域大小為6×6mm/10×10mm，并密集分布約36萬/100萬個10μm直徑的捕獲位點，相鄰捕獲位點中心距離10μm（空間分辨率），每個位點上合成1種barcode，通過芯片解碼確定序列的物理坐標位置，利用poly(dT)來捕獲組織切片的mRNA，從而進行建庫測序和空間基因表達數(shù)據(jù)生成。

空間組學產(chǎn)品

Celatlas Space ，是賽圖基因自研自產(chǎn)的高分辨、高靈敏的空間組學一站式解決方案，產(chǎn)品包括透化芯片及透化試劑盒，基因表達芯片及建庫試劑盒，微型全自動熒光顯微鏡以及生信分析軟件。

實驗流程

1.組織透化優(yōu)化流程

透化芯片上載有核苷酸捕獲探針，與組織切片結合后通過探針原位抓取組織內(nèi)的mRNA分子，再利用帶有熒光標記的核苷酸進行cDNA合成。研究人員通過熒光顯微成像可以快速判斷特定組織的*佳透化時間。

2.空間轉錄組工作流程

組織表達芯片上載有具有空間坐標信息的捕獲探針，與組織切片結合后通過探針原位捕獲組織內(nèi)的mRNA分子并進行cDNA合成。研究人員通過NGS測序和配套的可視化分析工具，可獲取特定樣本10 μm分辨率下的空間基因表達模式信息。

樣本要求

技術優(yōu)勢

數(shù)據(jù)展示

1.透化條件優(yōu)化

不同組織所需透化時間不同，正式實驗前需進行透化條件測試。以腦組織為例測試不同透化時長，以組織形態(tài)完整，熒光值*強且無彌散為*佳透化時間的判斷標準作為正式建庫實驗的透化條件。

2.小鼠腦空間基因表達

在10μm空間分辨率下，UMI中位數(shù)可達422，基因中位數(shù)高達337。將基因表達信息與組織切片的位置信息相結合，直觀展示細胞類型在組織切片上的空間分布以及差異基因的空間分布。

3.生信分析流程

賽圖的數(shù)據(jù)可以對接現(xiàn)有分析工具stereopy或scanpy，開展當前大部分主流分析。

4.基因檢出性能優(yōu)異

在對小鼠大腦組織樣本進行的平行測試實驗中，賽圖基因開發(fā)的Celatlas Space平臺擁有更高的靈敏度。相較現(xiàn)有頭部商業(yè)化空間轉錄組學平臺，同一物理分辨率（選取10×10 μm Bin）下，平均轉錄本檢出數(shù)量提升3-87%，平均基因數(shù)提升40-67%。

應用場景

空間轉錄組技術可在細胞和組織水平上揭示基因表達的空間分布，揭示在特定時空維度生命活動過程的關鍵分子信息，被應用于生命科學領域基礎研究、轉化研究、病理研究、新藥研發(fā)等諸多科研場景，包括但不限于輔助尋找神經(jīng)退行性疾病相關的分子及其機制、構建各臟器亞細胞空間圖譜以及空間發(fā)育圖譜、腫瘤的免疫治療以及為復雜病理提供空間組學方面的理解。

訂購信息

賽圖基因(Celatlas)成立于2022年11月，坐落于杭州市基因小鎮(zhèn)，是一家專注于空間組學創(chuàng)新解決方案的生命科技企業(yè)，致力于從細胞到生物組織多維度的空間基因檢測，助力數(shù)字生命研究和精準醫(yī)療診斷。公司產(chǎn)品包含空間組學芯片、試劑盒、微型熒光顯微鏡和分析軟件4款產(chǎn)品，目前已推出國內(nèi)首款10μm分辨率空間轉錄組學一站式解決方案。

賽圖基因科技（杭州）有限公司

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